L’indice di affidabilità ha la funzione di misurare la puntualità e l’efficienza del servizio ferroviario. Individuato in collaborazione con la Regione Lombardia e le associazioni dei consumatori, l’indice è calcolato mensilmente e per ciascuna direttrice, ed è il risultato del rapporto tra la somma dei minuti di ritardo e dei minuti/treno soppressi per cause imputabili a FNM, e la somma dei minuti/treno soppressi per cause non imputabili all’azienda.
L’indice prende in considerazione i treni con ritardo superiore a 5 minuti e i treni soppressi totalmente e non sostituiti con bus entro 60 minuti.
Se tale indice supera il determinato valore preventivamente fissato, chiamato valore soglia, scatta il diritto al bonus per gli abbonati della direttrice.
Da gennaio 2005 il valore soglia è stato pari al 4,35%, nel 2006 al 4,25%, mentre nel luglio 2007 è sceso al più severo valore del 4,15%. Dal mese di gennaio 2010 il valore soglia è sceso a 4,00%. Per quanto riguarda l’attribuzione delle direttrici, dal 1° settembre 2004 si è proceduto ad unificare i servizi che esistono sulle linee Milano-Asso (servizio regionale) e Milano - Seveso - Mariano S2+S4 (servizio suburbano).